Qui paie pendant un arrêt de travail ? IJSS, carence et complément employeur

Garanties et contrats Par Fabien Rouvier Mis à jour le 26 octobre 2026 5 min de lecture
Qui paie pendant un arrêt de travail

En arrêt de travail, la rémunération ne continue pas automatiquement comme un salaire normal. Elle peut venir des IJSS, du complément employeur et, parfois, d’une garantie de prévoyance. L’ordre de versement, le délai de carence et les règles de la convention collective expliquent pourquoi le montant reçu peut être inférieur au salaire habituel. Pour aller plus loin, voir « Trop-perçu prévoyance maladie pro ».

Qui paie pendant un arrêt de travail ?

Le premier versement vient généralement de l’Assurance Maladie, via les indemnités journalières de sécurité sociale, souvent appelées IJSS. Elles compensent une partie de la perte de salaire lorsque l’arrêt est médicalement prescrit et que les conditions d’ouverture des droits sont remplies.

Infographie sur l'arrêt de travail maintien de salaire avec IJSS, complément employeur et prévoyance
Infographie sur l’arret de travail maintien de salaire avec IJSS, complément employeur et prévoyance

L’employeur peut ensuite intervenir avec un complément employeur. C’est le maintien de salaire au sens courant : il ne remplace pas les IJSS, il les complète. Le total perçu dépend donc du salaire de référence, des plafonds applicables, de l’ancienneté et des règles prévues par le Code du travail ou par votre convention collective.

Dispositif Qui verse ? À retenir
IJSS CPAM / Assurance Maladie Versement après conditions d’affiliation et délai de carence en maladie non professionnelle.
Complément employeur Employeur Maintien partiel du salaire si les conditions légales ou conventionnelles sont réunies.
Prévoyance Organisme assureur Garantie complémentaire possible, selon le contrat collectif ou individuel.

Les conditions à vérifier avant de compter sur le maintien de salaire

L’arrêt doit être transmis dans les délais

Le réflexe essentiel est d’envoyer l’arrêt de travail dans les 48 heures. Les volets destinés à l’Assurance Maladie et à l’employeur doivent être transmis selon les modalités prévues : arrêt dématérialisé par le médecin, formulaire Cerfa sécurisé ou document papier si nécessaire. Un retard peut compliquer ou retarder l’indemnisation.

L’ancienneté et les droits aux IJSS comptent

Le complément employeur n’est pas dû dans toutes les situations. Le cadre légal prévoit notamment une condition d’ancienneté, souvent de 12 mois, sauf disposition plus favorable. Le salarié doit aussi bénéficier des IJSS : si la CPAM ne verse rien faute de droits ouverts, le complément employeur peut être remis en cause.

Pour un arrêt de moins de 6 mois, les droits aux IJSS reposent notamment sur une activité minimale, par exemple 150 heures travaillées sur une période de référence. Pour un arrêt plus long, les conditions deviennent plus exigeantes, avec notamment des seuils comme 600 heures ou des montants de cotisations calculés par rapport au Smic horaire.

Carence, montant et durée : ce qui change vraiment sur la paie

Le délai de carence n’est pas le même pour tous

En maladie non professionnelle, les IJSS démarrent en principe après un délai de carence de 3 jours : l’indemnisation commence donc au 4e jour. Pour le complément employeur légal, un autre délai peut s’appliquer, souvent présenté comme une carence de 7 jours, avec un démarrage au 8e jour. Certaines conventions collectives suppriment ou réduisent cette attente.

Accident du travail, maladie professionnelle, affection de longue durée ou situations particulières peuvent modifier les règles. Il faut donc éviter de raisonner à partir d’un cas vu chez un collègue : deux arrêts de même durée peuvent produire deux bulletins de paie différents.

Le maintien n’est pas forcément un salaire à 100 %

Le montant des IJSS est plafonné et calculé à partir d’un salaire journalier de base. Elles représentent couramment 50 % de ce salaire de référence, dans la limite des plafonds applicables. Le complément employeur vise ensuite à rapprocher le revenu d’un niveau prévu par les textes : le barème légal mentionne notamment des paliers à 90 %, puis 66,66 % de la rémunération de référence, selon la durée et l’ancienneté.

Le point clé reste le même : ce n’est pas la seule présence d’un arrêt de travail qui déclenche un maintien intégral. Il faut que la prescription soit transmise, que les droits soient ouverts et que les règles de calcul soient appliquées dans le bon ordre. Si l’un de ces éléments manque, le montant perçu baisse ou arrive plus tard.

Convention collective, contrat et subrogation : les détails qui changent tout

La convention peut être plus favorable que la loi

Le Code du travail fixe un socle minimal, mais votre convention collective, un accord d’entreprise ou votre contrat de travail peuvent prévoir mieux : maintien à un taux supérieur, durée plus longue, ancienneté réduite, suppression du délai de carence, prise en charge spécifique pour certains statuts. Le bon réflexe consiste à vérifier l’intitulé de la convention sur le bulletin de paie, puis à consulter le texte sur Légifrance ou auprès du service RH.

Chambre d’hôpital moderne avec lit médical réglable, illustrant un arrêt de travail et ses indemnisations

La subrogation simplifie le versement, pas les droits

Avec la subrogation, l’employeur perçoit directement les IJSS à votre place et vous verse une rémunération regroupée sur la paie. Sans subrogation, la CPAM vous verse les IJSS et l’employeur ajoute le complément séparément. Dans les deux cas, le principe reste le même : la subrogation modifie le circuit de paiement, pas le niveau de droit en lui-même. Sur ce sujet précis, voir « Subrogation employeur en arrêt maladie ».

Ce point est utile quand le bulletin de paie semble difficile à lire. Un versement unique ne veut pas dire qu’un seul organisme paie tout, et des versements séparés ne signifient pas forcément qu’un droit manque. Il faut regarder qui paie, sur quelle base et à quelle date.

Les démarches pratiques pour éviter un retard de paiement

Dès la prescription de l’arrêt, vérifiez que chaque acteur dispose des bons documents. L’employeur doit établir une attestation de salaire, indispensable au calcul des indemnités journalières. De votre côté, conservez une copie de l’arrêt, surveillez votre compte ameli et comparez les dates de versement avec votre bulletin de paie.

  • Transmettre l’arrêt de travail dans les 48 heures.
  • Prévenir l’employeur selon les règles internes de l’entreprise.
  • Vérifier que l’attestation de salaire a bien été envoyée à la CPAM.
  • Contrôler la convention collective applicable et ses garanties de maintien.
  • Comparer IJSS, complément employeur et éventuelle prévoyance sur le bulletin.

En cas d’écart ou d’absence de paiement, commencez par identifier le maillon concerné : CPAM, employeur ou organisme de prévoyance. Un échange écrit avec le service paie, accompagné des dates d’arrêt et des justificatifs, permet souvent de résoudre rapidement un blocage. Si le désaccord persiste, les représentants du personnel, le CSE ou un conseil juridique peuvent aider à faire appliquer les droits prévus.